Les problèmes de classification de SARS-CoV-2 - Université Jean Moulin Lyon 3 Accéder directement au contenu
Pré-Publication, Document De Travail Année : 2021

Classification problems of SARS-CoV-2

Les problèmes de classification de SARS-CoV-2

Résumé

Two types of methods currently make it possible to analyze the proximity of living things or viruses: automatic classification and phylogenetic trees. Automatic classification makes it possible to assess the distances between certain sequences of related genomes in order to establish the relative proximity of the elements that carry them. Phylogenetic trees are schematic representations of the evolution between different related species based on their genetic and physical similarities. Viruses are biological species that consist of nucleic acid sequences. They are subject to a wide range of evolutionary changes, including mutations in their sequences. The ability of these to accumulate changes through mutations or recombination with other species gives rise to new viral lines. The data available today make complex a definitive attribution of the SARS-Cov-2 species, at the origin of the CoVid-19 pandemic, and make it also difficult to answer the question of its origin. Certain peculiarities of the virus in particular cast doubt on its natural origin.
Deux types de méthodes permettent actuellement d’analyser la proxi- mité des vivants ou des virus : la classification automatique et les arbres phylogé- nétiques. La classification automatique permet d’évaluer la distances entre certaines séquences de génomes apparentés afin d’établir la proximité relative des éléments qui les portent. Les arbres phylogénétiques sont des représentations schématiques de l’évolution entre différentes espèces apparentées en fonction de leurs similitudes génétiques et physiques. Les virus sont des espèces biologiques qui comprennent des séquences d’acides nucléiques. Ils sont sujets à un large éventail de changements évolutifs, y compris des mutations de leurs séquences. La capacité de celles-ci à accu- muler des changements par mutations ou recombinaison avec d’autres espèces donne naissance à de nouvelles lignées virales. Les données dont on dispose aujourd’hui rendent complexes une attribution définitive de l’espèce SARS-Cov-2, à l’origine de la pandémie CoVid-19, et permettent difficilement de répondre à la question de son origine. Certaines particularités du virus laissent notamment planer un doute sur son origine naturelle.
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Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

hal-03238987 , version 1 (27-05-2021)

Licence

Paternité - Pas d'utilisation commerciale

Identifiants

  • HAL Id : hal-03238987 , version 1

Citer

Daniel Parrochia. Les problèmes de classification de SARS-CoV-2. 2021. ⟨hal-03238987⟩
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